Nel campionato 2005-06 Cellino gli offre la ribalta della Serie A alla guida del Cagliari. Alla terza giornata arriva in sostituzione di Arrigoni che alla seconda era subentrato a Tesser.

Alla guida della formazione rossoblù rimarrà fino all’11° giornata quando gli subentrerà Sonetti.

Nella stagione 2007-08 ritorna in Serie A ancora alla guida del Cagliari. Ballardini subentra a Sonetti quasi alla fine del girone d’andata, con la squadra ultima classifica e con soli 10 punti. Sotto la guida tecnica di Ballardini al Cagliari riesce l’impresa, dopo una esaltante cavalcata nel girone di ritorno, di conquistare una salvezza che sembrava impossibile. A fine stagione Cellino lo lascia andar via.

La sua consacrazione è però avvenuta e così nel settembre 2008 guida il Palermo, nel 2009 siede sulla panchina della Lazio e la stagione successiva sostituisce Gasperini alla guida del Genoa.

Ora è tornato a Cagliari dopo aver rifiutato, nei giorni scorsi, le panchine di altre squadre di serie A.